Сюжет фильма разворачивается в Сингапуре, впервые за пределами Японии, в знаменитом отеле Marina Bay Sands, ставшим местом убийства. Речь в фильме пойдёт о большом драгоценном камне, известном как «голубой сапфир», который в конце 19 века бесследно исчез на дне океана. И в тот момент, когда пропавшую реликвию находят, Макото Кёгоку, непобедимый мастер каратэ с 400 победами, становится свидетелем её воровства...

Шиничи Кудо — детектив-старшеклассник, прозванный за свои потрясающие успехи в раскрытии самых сложных преступлений «современным Шерлоком Холмсом». Шиничи обожает вмешиваться в расследования полицейских и выводить преступников на чистую воду. Только вот однажды его любопытство сыграло с ним злую шутку. На свидании со своей подругой детства, Ран Мори, Шиничи стал свидетелем преступления, совершаемого загадочными...

Конан с друзьями идёт в новый Токийский аквариум. Там, под колесом обозрения, он замечает девушку с разноцветными глазами. Она не помнит ни своего имени, ни своего прошлого. Конан обещает помочь девушке и вернуть её воспоминания....

...

...

...

Кайто Куроба — обычный подросток. После смерти отца по мистическим обстоятельствам он узнает о его тайне: раньше он был известен в уголовном мире под делом 1412 как "Вор-Фантом" и был убит тайной организацией, потому что отказал помочь похитить "Пандору", волшебный камень, что дарует бессмертие. Кайто клянётся, что никогда не позволит убийцам, которые убили его отца, найти камень и жить вечно, а...

Шуичи Акай стал мишенью таинственного снайпера так же, как и Масуми Сэра. Токио в панике, жители боятся попасть под огонь снайпера, о котором ничего неизвестно. Почему под прицелом оказалась Сэра? Сможет ли Акай выжить в этой передряге? Джоди Старлинг и Субару Окия также втянуты в происходящее. Способностям Конана предстоит новая проверка: сможет ли он отыскать и арестовать преступника?...