Конец тысячелетия был ознаменован неминуемым концом света. Каждую 1000 лет Ла-Метал, огромная планета, населенная высокоразвитой цивилизацией, по пути своей орбиты проходит рядом с Землей, принося тем самым множество ужасных катаклизмов и стихийных бедствий. В 1999 году Ла-Метал пройдет настолько близко к Земле, что велик риск столкнуться с ней. Ко всему прочему жители планеты Ла-Метал уже давно планируют захват...

...

...

...

...

...

Десять лет назад Нагатэ Таникадзэ отразил атаку Гауна и спас «Сидонию», последний дом человечества. С тех пор жители корабля наслаждаются мирной жизнью. В это спокойное время Цумуги Сирауи осознаёт свои чувства к Нагатэ, которого теперь прославляют как героя. Однако капитан Кобаяси всегда знала: пока где-то во Вселенной существуют Гауна, мир не может длиться долго. Близится последняя битва, от которой будет зависеть...

Человечество практически уничтожено негуманоидной расой, названной Гауна. Оставшиеся в живых люди сбежали с родной Земли на кораблях-гигантах "Сидония". Изредка останавливаясь запастись ресурсами, корабли путешествуют по космосу в поисках нового дома. Однако, угроза нападения чужеродной расы все так же висит над выжившими и ученые разработали специальные средства борьбы с неприятелем, а военные освоили их....